基于中心的使命和目标，中心确立了两个主要的研究方向：一为健康转型及健康影响因素研究；二为卫生体制与政策研究，包括卫生筹资、卫生服务提供以及卫生人力资源的研究。

1. 健康转型及健康影响因素研究
  该领域有两个关键研究方向。一、总结健康转型及影响因素的发展变化，通过数学模型，预测中国未来几十年卫生发展的趋势。二、中国幅员辽阔，各地区社会经济及卫生发展存在很大差异，因此，分地区、省份及不同人群，对健康转型及影响因素开展研究，将有利于制定有地区特色的卫生政策。
 
2. 卫生体制和政策研究
 在健康转型和影响因素研究的基础上，中心将通过卫生体制和政策研究，探索促进卫生发展的有效途径。该领域将涉及三个研究方向。一、卫生筹资的研究内容包括：政府和非政府部门在卫生筹资中应发挥的作用，卫生筹资需求量的预测，整合现有多种健康保障模式的策略，医生的支付方式和激励机制等。中心将组织对当前各项卫生筹资改革干预措施的实施和效果进行系统的评估。二、卫生服务提供领域的研究，包括公立与非公立医疗服务机构的协调发展，医疗机构的绩效评估等。三、卫生人力资源研究，包括欠发达地区卫生人力发展策略，医务人员的激励机制，卫生人力的分布等。